ในวันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2484 กองทัพญี่ปุ่นได้รุกรานมลายา อังกฤษได้ยอมรับพรรคคอมมิวนิสต์มลายาเพื่อร่วมมือกันต่อต้านญี่ปุ่นและได้ปล่อยสมาชิกพรรคที่ถูกคุมขังเมื่อ 15 ธันวาคม ตั้งแต่วันที่ 20 ธันวาคม กองทัพอังกฤษเริ่มฝึกสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ให้สู้รบแบบกองโจรเพื่อจัดตั้งเป็นกองกำลังพิเศษแห่งสิงคโปร์ โดยมีผู้เข้ารับการฝึกราว 165 คน พรรคเริ่มจัดตั้งการต่อสู้ด้วยอาวุธที่รัฐยะโฮร์ก่อนสิงคโปร์แตกเมื่อ 15 กมภาพันธ์ พ.ศ. 2485 และได้ประกาศตัวเป็นกองทัพประชาชนมลายาต่อต้านญี่ปุ่น เริ่มโจมตีญี่ปุ่น ญี่ปุ่นได้ตอบโต้ด้วยการโจมตีพลเรือนชาวจีน ทำให้ชาวมลายาเชื้อสายจีนอพยพออกไปจากเมืองหลังจากสิงคโปร์แตก ไล เตกถูกทหารญี่ปุ่นจับกุม ต่อมาใน 1 กันยายน พ.ศ. 2485 ญี่ปุ่นเข้าทำลายการประชุมลับของฝ่ายต่อต้าน และจับกุมสมาชิกพรรคไปได้มากกว่าร้อยคน ที่บาตู จาเรสทางเหนือของกัวลาลัมเปอร์ และถูกฆ่าทั้งหมด ทำให้การดำเนินการของพรรคยากขึ้นเพราะขาดผู้นำ

ตั้งแต่เดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2486 กองกำลังที่ 136 ของอังกฤษได้ติดต่อกับกลุ่มกองโจรในมลายา ซึ่งกองทัพประชาชนยินดีร่วมมือกับฝ่ายสัมพันธมิตรและได้รับความช่วยเหลือทางอากาศ